A origem de Rio das Ostras data, entretanto, de cerca de 4 mil anos, quando era habitada por caçadores e coletores semi-nômades, cuja presença pode ser comprovada em seu solo repleto de sambaquis, com áreas de sítios arqueológicos demarcadas em 1967 por pesquisadores do IAB- Instituto de Arqueologia Brasileira, confirmando sua pré-história.
Situada na Capitania de São Vicente, tinha a denominação de Leripe(que em tupi-guarani significa “Lugar de Ostra”) ou Seripe, sendo parte das terras da Sesmaria doada aos jesuítas pelo Capitão Mor Governador Martins Corrêa de Sá. Esta faixa foi delimitada por dois marcos de pedra colocados em Itapebussus e na barreta do Rio Leripe com a insígnia da Companhia de Jesus.
Os Jesuítas foram responsáveis pelas primeiras construções na região como o Poço de Pedras do Largo e a antiga Igreja de Nossa Senhora da Conceição.
Conhecida então como Baía Formosa no século XIX, foi um próspero arraial e seu crescimento se deu ao redor da igreja e do Poço de Pedras.
No início do século XX, Rio das Ostras era carinhosamente chamada de Terra dos Peixes, uma simples aldeia de pescadores com abundante pesca no rio e mar, segundo depoimentos dos antigos moradores.
A expansão turística e a construção da Rodovia Amaral Peixoto na década de 50 definitivamente contribuíram para o desenvolvimento da cidade que se transformou no valioso município de hoje. Sua emancipação político-administrativa ocorreu em 10 de abril de 1992. Desde então, seu crescimento é considerado o maior do interior do Estado, distribuído em uma área territorial de 232 Km² de extensão.